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在怪兽与人类漫长的纷争画上句号后，世界终于迎来了久违的宁静。然而，新时代的曙光中，一群身怀异能的少女悄然现身——她们体内流淌着远古怪兽的灵魂，能够化身为传说中的巨兽形态，被称为“怪兽娘”。为了引导这些特殊的存在，神秘组织“GIRLS”应运而生，肩负起培养与守护的使命。
故事聚焦于三位初出茅庐的新人——阿基拉、米克拉斯和温达姆，她们怀揣着梦想与忐忑加入组织，组成了一支性格迥异却充满活力的三人小队。在严格的训练与日常的磨合中，这些稚嫩的少女时而闹出令人捧腹的乌龙，时而面临意想不到的危机，更在并肩作战
