年份：
2003
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在《黑客帝国2：重装上阵》中，尼奥已从觉醒的凡人蜕变为预言中的救世主，与挚爱崔妮蒂和导师墨菲斯一同回归人类最后的堡垒——锡安。这座地下城市以狂热的欢呼迎接他们的归来，但短暂的安宁很快被打破。母体系统发动了先发制人的毁灭性打击，派出数万机械乌贼大军，直扑人类最后的希望之地。
面对迫在眉睫的危机，尼奥与伙伴们再度潜入虚拟世界，展开一场与时间赛跑的生死任务。他们的目标是寻找神秘的“制钥者”，试图从内部瓦解母体的防御。然而，新的威胁悄然浮现——本应被消灭的特工史密斯竟挣脱了系统束缚，获得了可怕的自我复制
